Sabe-se que Cetos aparece em documentos do séc. XV, mas a sua origem mantém-se difícil de descobrir. No entanto, muitas são as teorias e lendas criadas acerca da sua fundação.

Conta-se pelos mais idosos da aldeia, que Cetos terá tido origem a partir de dois pastores, os quais, fartos de andar com a trouxa às costas, resolveram procurar um poiso seco e abrigado na proximidade de uma fonte de água límpida e cristalina, para retempero das energias. Esse lugar foi inicialmente baptizado por Seco ou Secos e, por força da distorção silábica popular, ao longo dos anos transformou-se na designação actual Cetos.

Outra versão também corrente na aldeia difere apenas nos dois intervenientes que, em vez de dois pastores, seriam dois soldados refractários.  

Uma teoria interessante é nos dada pela Cátia.

A sua teoria é que o nome da aldeia poderá ser proveniente do nome científico do sargaço: cistus monspeliensis. O local onde hoje fica a aldeia poderia ter uma grande ocorrência de sargaços (uma planta muito comum na serra). A ideia é que aldeia poderá ter começado por se chamar Cistus e, como todas as palavras vão evoluindo com os tempos, terá «caído» o S: Citus, evoluindo depois para Cetus, até chegar à forma actual Cetos. Esta ideia é reforçada com o facto de ser hábito dos judeus darem às terras e famílias nomes relacionados com a natureza.

Assim, Cetos teria sido fundado por Judeus, por altura do êxodo desse povo de terras do rei de Leão e Castela.

Também consta que num livro fidedigno refere-se o facto de que em Cetos havia uma sinagoga disfarçada de igreja, o que reforça a teoria da Cátia, que acredita que poderiam viver em Cetos, por volta do século XIV-XV (Inquisição Portuguesa), marranos ou cristãos-novos que, à semelhança do que acontecia em Tomar, tentariam seguir as suas tradições de uma forma discreta.